สำนักงานสาธารณสุขจังหวัดสุพรรณบุรี แต่เดิมตั้งอยู่บนที่ว่าการอำเภอเมืองสุพรรณบุรี ต่อมาได้ย้ายมาตั้งอยู่บริเวณวัดดอกจันทร์ ซึ่งเป็นวัดร้างเก่า ใกล้กับ โรงเรียนสงวนหญิง ในตำบลท่าพี่เลี้ยง อำเภอเมือง จังหวัดสุพรรณบุรี มีเนื้อที่ประมาณ 300 ตารางวา ห่างจากศาลากลางจังหวัดสุพรรณบุรี ประมาณ 3 กิโลเมตร

ต่อมาในปี พ.ศ. 2539 ได้รับงบประมาณในการก่อสร้างสำนักงานแห่งใหม่ ณ เลขที่ 78 หมู่ 4 ตำบลทับตีเหล็ก อำเภอเมืองสุพรรณบุรี ก่อสร้างแล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2542 และได้ย้ายเข้ามาเปิดดำเนินการเมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2543